据说，《圣经》中，蝇王是万恶之首；在英语中，蝇王是污秽和粪便之王，象征着丑恶。苍蝇毫不羞涩的占据全世界人们厌恶和排斥的昆虫之首，不仅仅是它生活的环境令人恶心，更重要的是污秽也是诞生它的家园。这部根据诺贝尔文学奖获得者威廉·戈尔丁同名小说改编的电影即用这个名字暗喻着人性之恶，通过种种象征意义探讨了环境影响和人性塑造的关系。
故事被架空在想象中的第三次世界大战，影片以放映幻灯片式的方式将动态的背景陈述换成静态的照片陈列，照片上的人事诉说着不同的、普通的、死板的、过去式的硝烟与平静，仿佛过去、现在、未来这一纸条被折成了莫比乌斯环，抛弃掉两边的牵扯，只剩下“现在”的真伪。
影片的主角是一群六至十二岁的孩童，真正令人厌恶的年纪，早已忘记自己鸟样童年的成人一边对他们的劣行以“不懂事”为名加以辩护，一边用拳头和幻想塑造这个自己身上掉下的泥人。社会上的种种规则、不成文的约束、成人的力量、物质的诱惑等等都是现代文明赐予孩子的火锅，不论你是菜花童还是油菜童，跳进去涮上一阵子，都是“成熟”的好市民，光荣的家族使命和社会责任在遥遥等待。
就像飞机坠毁一样，这个火锅翻了，孩子们被遗落在了某地荒岛。
荒岛的设定意味着与文明世界脐带的断裂，蔬菜们不能被一双双勤劳的双手洗刷干净、不能被切成喜欢的形状分帮立派的安置到不同的盘子、不能静静地等待就有筷子来把它们夹进锅里。面临突如其来的自由，孩子们首先感受到的是巨大的惶恐，那股冥冥之中控制一切的力量不见了，他们从按时做什么变成了按时却不知该做什么。多数人的弱势开始显现：寻求一个精神上和身体上的领导者，最重要的是，这个人可以负责思考和负责。
手持海螺的拉尔夫登场，他吹响海螺将众童聚集到沙滩上，所有的儿童都认定持有海螺的人最有发言权和权威，除了杰克领导的合唱团，拉尔夫成为众望所归的领袖，民主第一次展现出它的力量，其实也逃不过少数服从多数的规律，这种以数量上不理智的压制来统领的手段在片尾的围剿中才显露其獠牙和利爪。
在拉尔夫的领导下，孩子们一方面了解到这是个孤岛，一方面意识到必须要主动建立起与外界的联系，而他们的方法便是寻求火源，用浓烟吸引飞机或轮船到此。而在离开之前，便是搭屋建棚、收集野果等一系列工作，在玩闹嬉耍里，小集体的生活总算正式开始，后面隐藏的种种弊端也开始凸显。手持尖刀的杰克根本不服从拉尔夫的领导，拉尔夫自己也只信任自己团队里年龄较大的孩子，对年龄小的孩子不屑一顾，后来因为杰克的疏忽导致火种熄灭失去救援机会成为了第一次矛盾的导火索。
在这次矛盾之后，两帮势力的分别更为明显：杰克帮的孩子依靠杰克的小刀将木棒的两端削尖作为武器，他们虽然还穿着合唱团的短裤并戴着帽子，却集体脱掉了上衣；而拉尔夫帮的孩子衣服因为穿梭在树林里变得破破烂烂，但就是破的分不清领口和袖口的衣服，这个帮的孩子还是尽量体面的穿着它们。荒岛上原先以规则和秩序建立的社会文明出现倒退倾向，人类文明的三个阶段原始文明、农业文明、工业文明里，以杰克小刀绝对力量的出现开始向农业文明滑坡。孩子们的行为开始越来越野蛮，为本能驱使的杀死动物来果腹不再充满罪恶感和恐惧，死去动物喷薄而出的鲜血更在视觉和心理上极大地刺激了这些孩童的本能：与其说是人类的本能，倒不如说是所有食肉动物的本能。
两个孩子第一次发现“怪兽”时，拉尔夫和杰克都去查看，但除了杰克占领了一个有利地形的山洞之外毫无线索，然而所有的孩子都被“怪兽”的描述吓坏了，大海和黑暗变成了他们最为恐惧的东西。此时，拉尔夫的理智论再也无法控制住杰克的本能论：规则和秩序的存在意义受到怀疑，且它们都不能为最基础的生存提供物质上的帮助，比如在“怪兽”面前，杰克的小刀和自信才是力量的源泉。
工业文明瓦解，农业文明兴起。
投靠杰克的孩子们得到削尖的木棍，通过劳动获得食物，最最重要的是，杰克使用植物在孩子们脸上和身上涂抹各种线条和颜色，并用“部落”形容自己的团体。杰克宣扬，为了不受怪兽伤害，他们必须定期进贡猪头给怪兽。故事发展到这，已经能见到原始宗教和图腾崇拜的起源。杰克帮彻底丢弃了原来合唱团衣服的穿法，像土著般随意缠绕挡住重点部位即可。而犯了错的部落族人，会受到脱光了抽屁股的惩罚。这个部落的团结依靠杰克尖刀的威信和对“怪兽”的恐惧，即便“怪兽”一直只是他们一厢情愿的幻想和去控制恐惧的借口。
猪仔的眼镜是火种之源，在杰克帮在夜晚的狂欢中以杀死“怪兽”的名义杀死一名孩童之后，抢劫在他们眼中也是弱肉强食的本事比拼，他们趁着夜晚的掩护抢走了猪仔的眼镜，控制了火源，不是为了向外界求救，仅仅是为了烧烤食物。向本能屈服总是比受到道德感约束容易的多，这里既有及时行乐的天性，也是顺从懒惰的劣根性。
被遗忘的电话号码、脱下的衣服、杀人后的笑脸、会说的单词越来越少、用嚎叫传递信息，原始部落彻底成型。这个荒岛的部落已经显现了几点注定消亡的证据：1.没有女童。2.杰克放火烧岛。3.小岛很小，资源有限。4.自相残杀毫无障碍。完全受兽性本能支配的杰克部落在杰克暴虐的统治下对谎言深信不疑，对试图让他们认清真相的孩童毫不留情的抹杀。杰克部落孩童数量上的绝对优势让拉尔夫最终孤身一人成为了被围剿者——“怪兽”的化身。为了消除令人不快的莫名其妙的恐惧感，以及融入集体的安全感，整个小岛陷入一片围剿活人的癫狂之中。
也正是这种癫狂，令权欲熏心的杰克放火烧岛试图逼拉尔夫现身，浓烟引起了海军警觉，才救了拉尔夫一命。看着统一着装、规律严谨、统一有序的白衣海军出现，那一刻现代人的形象真是宛若天神，难怪当年欧洲白色人种轻而易举的拿下了各个原始部落。然而，只有拉尔夫痛哭流涕，救援如此容易，同伴们却宁可选择丧失人性。
人性的离去，是现代文明的不挽留、还是原始本能的追求？