J·J·艾布拉姆斯的《星际迷航》系列真是太棒了，这部期待了很久，非常精彩。Kirk的复活很感人，继续期待续集上演。
电影简介：
Nibiru星上，Kirk和McCoy偷了外星人的神圣卷轴，希望把他们从火山边引开，Spock则在火山里用冷聚变装置试图阻止火山喷发，以拯救这个星球。跟随着Kirk和McCoy，我们看到了前所未见的景象——水下的进取号。这时，进取号面临了一个两难的选择：救Spock的命还是遵守最高指导原则。
Kirk选择违反原则，在外星人前暴露进取号，救了Spock，Kirk也为Spock违反了军令。
军官Thomas Harewood和他的妻子Rima去医院看望昏迷的女儿Lucille。John Harrison告诉他，他能救他的女儿。
因为提交了不实的报告，Kirk被Pike叫去，告诉他Marcus和总部决定让他重回学院受训。
Harrison的血液让Lucille恢复了健康。Harewood按约定去执行自杀式任务。他给Marcus上将发去一条信息后，用星舰学院校友戒指炸毁了他工作的位于Kelvin号纪念档案馆地下的办公区。
Kirk在酒吧中借酒消愁，Pike找上门来，两人聊起初遇的往事，Pike告诉Kirk他已被任命为自己的大副。两人被叫去总部开会，讨论恐怖袭击的对策。在会上，Kirk意识到Harrison袭击档案馆的真正动机：攻击参与总部会议的高层军官。Harrison果然发起了袭击，在袭击中Pike死了，Kirk又成了进取号的舰长。
为了给Pike复仇，Kirk决定去Qo'noS追捕Harrison。Marcus给了Kirk72颗光子鱼雷，要Kirk消灭Harrison。
接受Spock的意见，Kirk决定不杀死Harrison，而是把他抓回地球接受法律的裁决。Kirk、Spock和Uhura等人到Qo'noS上追捕Harrison。
Harrison杀死了一伙克林昂人，向Kirk一行投降。Kirk复仇心切，打了Harrison。
Harrison告诉了Kirk一组坐标，Kirk让Scotty去调查。
Kirk让Carol拆解一个光子鱼雷。Carol在交谈中告诉他她是Christine Chapel的朋友，Chapel在与Kirk分手后转到了另一艘星舰上。
McCoy帮助Carol去拆解光子鱼雷，他告诉Carol自己曾给一个Gorn进行过剖腹产，生下的是八胞胎。拆开鱼雷后发现里面是装着人的冷冻舱，已沉睡了三百年。
Kirk和Spock去找Harrison对质，Harrison揭露了他的真实身份：Khan。Khan告诉他们Marcus才是幕后主使，自己被迫为Marcus所用，后为伙伴向Marcus复仇。
进取号受到一艘巨大的黑色舰艇——复仇号的袭击。对方的舰长是Marcus。Marcus决意摧毁进取号。
Scotty神兵突降，暂缓危机。情急之下，Kirk决定与Khan合作。在Scotty的接应下，Kirk和Khan登陆复仇号。
Spock在进取号上与另一条时间线上的自己取得了联系，Spock Prime警告了年轻的自己Khan的危险。
Marcus昭示了自己的动机，他希望发动与克林昂人的战争，军事化星际联盟。
Khan赤手空拳把Marcus爆了头。Khan以Kirk一行为人质，要求和Spock交换他的伙伴。他威胁Spock，如果不从，就搞坏进取号的维生系统。
Khan与Spock交换了人质。Khan对进取号发起了袭击，这时复仇号爆炸了，原来Spock传送给他的是启动了的鱼雷。爆炸的冲击波让两艘船都被地球引力牵引下坠。Kirk和Scotty试图修复曲速核心的人造重力。Spock要求船员弃舰逃生，船员决定与船共存亡。
Kirk为了拯救进取号和自己的船员，进入充满辐射的曲速核心进行修复。他及时地拯救了进取号。
Spock因为失去Kirk受到极大的刺激，决定去找Khan复仇。复仇号坠毁在三藩市，Khan混进人群逃走。Spock被传送下地面，紧追不舍。McCoy发现Khan的血有起死回生的能力，把Kirk装进冷冻舱，要Spock活捉Khan，可没有与Spock取得联系。
Spock与Khan打斗。Uhura被传送下地，用相位枪击倒了Khan。Spock折断了Khan的手臂，几乎要打死Khan，直到Uhura告诉他救Kirk需要Khan活着。两周后，Kirk醒来。Khan和他的同伴继续被封存在冷冻舱内。
一年后，Kirk在Pike的纪念仪式上发言，准备执行第一次五年任务……